Pull down实验又叫做蛋白质体外结合实验（binding assay in vitro），是一种在试管中检测研究蛋白质之间相互作用的方法，旨在证明两种蛋白质之间存在相互作用或者探索可与目的蛋白结合的未知蛋白分子。Pull-Down实验是一个行之有效的体外检测蛋白之间直接相互作用的技术，其基本技术原理是：将靶蛋白-GST融合蛋白亲和固化在谷胱甘肽亲和树脂上，作为与目的蛋白亲和的支撑物，充当一种“诱饵蛋白”，目的蛋白溶液过柱，可从中捕获与之相互作用的目的蛋白，洗脱结合物后通过SDS-PAGE电泳分析，从而证实两种蛋白间的相互作用或筛选到相应的目的蛋白。Pull-Down实验不同于IP或Co-IP之处在于，它不是基于抗体-抗原特异反应的相互作用，不是免疫反应。诱饵蛋白或配体，通过非抗体亲和系统固定到固相支持物上，这种固定可以通过共价偶联结合到活化的微珠上，也可以通过与支持物上的受体分子结合的亲和标签结合，从而达到固定作用。Pull down实验适用于体外转录或翻译体系研究，一是鉴定能与已知融合蛋白相互作用的未知蛋白质；二是鉴定两个已知蛋白质之间是否存在相互作用。

免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，CO-IP）是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法，是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。其技术原理是：当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。假设蛋白A和蛋白B在体内生理活性状态下存在相互作用，如果用蛋白A的抗体免疫沉淀蛋白A，那么与蛋白A在体内结合的蛋白B也能沉淀下来。免疫共沉淀实验适用于：低丰度蛋白的富集和浓缩、测定两种目标蛋白是否在体内结合、确定一种特定蛋白质新的作用搭档蛋白以及分离得到天然状态下相互作用的蛋白复合物。